4 Şubat 1926 Perşembe sabahı. Görevli 'Muhammed Atıf' diye bağırdı. Hoca ağır adımlarla, dualar mırıldanarak sehpaya yürüdü. Kılıç Ali'nin öfkesi ise bitmemişti.

2 Şubat 1926 günü, mahkemede müdde-i umumi (savcı) Necip Ali(Küçüka) bey tarafından okunan iddianamede tek idam isteği, Babaeski müftüsü Ali Rıza efendi hakkındaydı. Atıf efendi ise, 10 senelik sürgün (kürek) cezası istenen mazlumlar arasındaydı. Mahkeme son müdafaaları dinlemek ve hükmünü vermek üzere ertesi güne tehir olundu (ertelendi).

Ertesi sabahın (3 Şubat 1926) ilk ışıklarıyla mazlumlar topluca İstiklâl Mahkemesi'ne götürüldüler. Jandarma topluluktan öncelikle Babaeski Müftüsü Ali Rıza ve Atıf Efendileri mahkemeye aldı. Jandarma ikinci defa kapıyı açtığında "sarıklılar gelsin" dedi.

Ali Haydar Efendi başta olmak üzere eski tabirle ilmiyeden ne kadar zevat varsa içeriye girdiler. 10 dakika sonra sarıklılar geri döndü fakat dönemeyen iki kişi vardı: Atıf Hoca ve Ali Rıza Efendi. Ardından da karar açıklandı: "(...) Frenk Mukallitliği ve Şapka adındaki kitabı yazdığı ve muhtelif bölgelere göndererek halkı isyana teşvik ettiğinden dolayı 7/12/1341(M.1925)tevkif edilen Fatih Dersiamlarından Hoca Atıf (..) ve diğer arkadaşları haklarında yapılan muhakemeleri neticesinde: İskilipli Atıf ve Babaeski eski Müftüsü Ali Rıza Efendilerin salben(asılarak) idamlarına... karar verildi." Kararın açıklandığı an, Hoca'nın ağzından çıkanları, o günün tanıklarından Tahiru'l-Mevlevi aktarıyor: "Zalim ve katillerle elbette mahşer gününde hesaplaşacağız." Posta müvezzii İskilipli Atıf Hoca'nın evine hapishane müdürünün ağzıyla yazılan şöyle bir telgraf teslim ediyordu: "Hoca Atıf vefat etmiştir. Cevaben bildirilir."

Muhakemeyi takip eden yazar Şevket Süreyya Aydemir tanıklığını şöyle anlatıyor: "Hükümlüler arasında sarıklı bir müderris göze çarpıyordu. Müderrisin başında fes ve sarık vardı. Cübbesi ve kıyafeti temizdi. Suçu, o sıralar yayınlanan şapka kanununa muhalefet etmekti. Fakat bu suç, bir takım ithamlarla da karışınca mahkemeden en ağır hükmü yemişti. Artık son saatlerini yaşıyordu. Hocanın yüzü sakindi. Metanetini muhafaza ediyordu. Yalnız dudakları kımıldıyor ve galiba bir dua okuyordu. Fakat eskiden kalpaklı ve şimdi hasır şapkalı zat, bu hükümle de kanmamış gibiydi. Bağırıyor, çağırıyordu. Acaba Hoca'yı bir tekmeyle merdivenlerden aşağıya yuvarlayacak mı diye bekledim. Fakat olmadı. Müderris, bu sözler üzerine kendisine değilmiş gibi bekledi. Sonra sağanak geçince yürüdü. Muhafızların arasında merdivenlerden indi. Önümüzden geçerken gene dudakları kımıldıyordu."

Ve 4 Şubat 1926 Perşembe... Sabahın ilk saatleri... Eski meclis binası yakınlarındaki Karaoğlan Çarşısı... Metin bir şekilde, dilinde dualarla idam sehpasına gelen Atıf efendi, kelime-i şehadetle, bu dünya defterinin kapısını kapıyor ve "yevme tüble's serair" (bütün sırların açığa çıkacağı gün) olarak Kur'an'da bildirilen dar-ı ahiretin özel bir bekleme salonu olan şehadet kapısını çalıyordu. O gece, rüyasına girdiği hanımına "Ben artık gidiyorum. Sakın ağlamayın. Yalnız bana yedi Yasin okuyun" diyordu...

Atıf Hoca ve Babaeski Müftüsü Ali Rıza hoca idama götürülürken.

Hiç şüphesiz Atıf Hocanın yargılama süreci skandallar zinciriyle doluydu.İlk skandal, İskilipli Atıf Hoca'nın Şapka Kanunu'nun çıkmasından 1,5 yıl kadar önce bastırdığı kitapçıktan yargılanıp idama mahkûm edilmiş olmasıydı. İkinci skandal ise bir gün önce Savcı Necip Ali'nin 3-15 yıl ağır hapis cezası istediği İskilipli Atıf Hoca'yı, mahkeme başkanının, son anda idama mahkûm etmiş olmasıydı. Böylece hem bir kanunun geçmişe doğru işletilmesi gibi temel bir hukuk kuralının ihlali, hem de savcının talebinden derece değil, mahiyet itibarıyla "farklı" bir ceza verierek hukuk da katledilmişti.

Necip Fazıl Kısakürek "Son Devrin Din Mazlumları" adlı eserinde özetle şunları yazmıştı: Mahkeme Reisi maznunlara hitap etti: Yarın müdafalarınızı hazırlayınız! Maznunlar, mıhlı hapishaneyi boyladılar. Yatsı namazından sonra Atıf Hoca yatağına oturdu ve müdafaasını yazmaya başladı. Bir aralık, günlerdir uykusuz, sabahlara kadar namaz ve niyazla vakit geçiren Atıf Hoca hafifçe daldı. Giyimli olduğu halde, başı taş duvarda, ellerinde yarım kalmış müdafaası, gözleri yumulu, kendinden geçti. Arkadaşı Tahir-ül-Mevlevî bu manzaraya bakarak mırıldandı: Zavallı âlim ve fazıl, büyük bir adam! Bu muydu ilim ve faziletinin mükâfatı? Atıf Hoca'nın uykusu uzun sürmüyor.. Yüzünde derin ve ince bir tebessüm.. Ne o hocam çabuk uyanıverdin? Atıf Hoca sakin: Uykudan murad hasıl oldu! Yani?... Yani beklediğim rüyayı gördüm.

Atıf hoca doğrulmuş ve müdafasını karaladığı kağıtları elinde büzmüştür: Kainatın fahrini gördüm. Bana 'yanıma gelmek dururken ne diye müdafaa karalamakla uğruşayorsun' dedi. Ne diyorsun? Beni idam edecekler Allah'ın sevgilisine kavuşacağım.. Rüyanın sadık olduğuna hiç şüphem yok."

Son anlarında kurbanının yanında bulunmayı adet edinmiş bulunan İstiklal Mahkemesi üyesi Kılıç Ali'nin ilk işi, Atıf Hoca'nın idamının hemen ardından sarığını çıkarttırmak olmuştu. Bununla da yetinmeyen Klıç Ali, son nefesini veren İslam alimine darağacındayken elindeki şapkayı giydirmişti. Hafız Cevdet Soydanses ve Dr. Rıza Nur bu durumu şöyle anlatıyor: "İskilipli Hocanın asılmasında tam boynuna ilmek geçirilirken, Kılıç Ali de sarığı alıp başına bir şapka geçirmiş. ...Ve küfürler etmiş. Zavallı bu şekilde saatlerce teşhir edilmiş."

Atıf Hoca'nın yeğeni Bahaddin İmal,"Hoca'nın eşi Zahide hanımla, kızı Melahat, idamından sonra İstanbul'dan İskilip'e geldiler. Zahide hanım köyde hanımlara Kur'an okuttu. Kızı Melahat, babasının evden götürülmesi ile akli dengesinde gelgitler yaşamış. 'Bu halim doğuştan değil. Babamı gözlerimin önünde evden alıp götürmeleri büyük bir korku meydana getirdi. Bu hâl yaşadıklarımın eseri' demiş" diye anlatıyor.

ATIF Hoca'yı idam sehpasında görenlerden biri de, yakın arkadaşı Tahir ül Mevlevi'dir. Tahir bey, sabah namazı sonrası eski Meclis binasının önüne gelince, gördüğü manzarayı şöyle anlatır: "Birdenbire gözüme ilişen manzara, beni olduğum yere mıhladı. Evet, eski Meclis önündeki meydanın ortasına iki tane sehpa dikilmiş, onların arasına da iki vücut çekilmişti (Atıf Hoca ve Ali Rıza efendi).Elimde olmadan gözlerimden yaşlar akarken dudaklarımdan da meşhur bir mersiyenin matlaı (taziye konulu kaside beyti) olan:'Uluvvün fi'l hayati ve fi'l memat / Le-hakkun ente ikdü'l mucizat' (Sen hayatta da, ölümünde de yücesin. Gerçekten sen mucizelerden birisin) beyti döküldü